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Informatique Appliquée aux Sciences de la Vie |
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Les objectifs
3ème cycle de haut niveau répondant à de nouveaux enjeux essentiels pour les industries et entreprises des secteurs de la bio-informatique destinées à des étudiants ayant étudié les sciences de la vie jusqu'à un niveau de second cycle. C'est bien plus qu'un master en bioinformatique ou un master en pharmacologie qui est proposé : une véritable double formation intensive, en 12 à 15 mois.
L’augmentation exponentielle des données issues de la recherche en Sciences
de la Vie a généré de nouveaux besoins d’acquisition, de stockage, de traitement
et de communication de ces informations. Le programme scientifique
du Master of Business Engineering en Informatique Appliquée aux
Sciences de la Vie de l’EBI a pour but de donner tous les outils du Management
de ces données à des étudiants issus de l’un des domaines de la Biologie. La
Bioinformatique permet, à partir du séquençage des génomes, d’interpréter le
code génétique (Génomique) et d’en proposer une traduction en protéines
tridimensionnelles (Protéomique). Elle sert aussi la Recherche Clinique, en
permettant le classement et l’interprétation des données qui visent à vérifier,
contrôler et valider l’efficacité d’un médicament. Le développement et la mise
en place du Data Management et du Data Mining ont renforcé la place de
l’informatique dans le secteur pharmaceutique. Les outils de la
biostatistique, la programmation dans plusieurs langages très utilisés dans les
entreprises de nos secteurs, la connaissances des réseaux, des outils d’échanges
de données très spécifiques, de logiciels d’application à la bioinformatique
complètent cette formation qui se veut à l’écoute des besoins du marché dans ce
domaine.
C’est grâce à l’association en continu
pendant les 6 mois de formation à l’EBI de ce programme scientifique avec
les cours du tronc commun des MBE, que l’étudiant acquiert une vision de chef de
projet sur ces problèmes.
Les bioinformaticiens issus de cette formation sont développeurs d’interfaces
graphiques et de logiciels, gestionnaires de bases de données (DATA MANAGER),
biostatisticiens au sein d’entreprises de biotechnologies, d’industries
pharmaceutiques, de CRO (Contract Research Organisation), de SSII ou
de Laboratoires de recherche publics.
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Contenu pédagogique
La formation de ce Master en bioinformatique s'organise autour de deux axes : formation à l'entreprise et formation spécifique en informatique appliquée à la biologie et à la recherche clinique.
LA FORMATION
Durant les 6 mois à l'Ecole de Biologie Industrielle, 550 heures de formation
sont délivrées (scientifique + tronc commun). L'étudiant est encadré par le professeur
permanent responsable du programme, Monsieur Denis HUET, qui le guide dans la
construction et la réalisation de son projet professionnel. La formation est
à la fois axée sur les apprentissages individuels, mais aussi sur le travail en
équipe, par projets. Les cours, travaux dirigés, conférences par des
professionnels sur ces applications informatiques, sont complétés par
l'élaboration de plusieurs projets qui accompagnent les enseignements durant les
6 mois.
LE STAGE
De 6 mois au minimum, dans les entreprises de nos secteurs, avec production
d'un mémoire et soutenance devant jury. Quelques exemples de stages proposés
sur cette formation depuis sa création :
- Développement d'interfaces intranet en JAVA, permettant l'analyse et le
suivi des productions en chimie combinatoire (CEREP)
- Travail sur un logiciel de dessin de structures pyramidales, application à
l'analyse de clusters de séquences homologues (SUPELEC)
- Réalisation d'une application intranet en JSP, permettant la gestion de
données chimiques, biologiques et de modélisation moléculaire (CEREP)
- Gestion de bases de données cliniques (GERCOR) ; Développement
informatique pour les offres "logiciels" d'IVALUA
- Création d'une application Web pour le gestion de commandes
d'oligonucleotides (SANOFI-SYNTHELABO)
- Conception, gestion et administration de bases de données cliniques et
biologiques (Institut COCHIN) ; Methodology of human genome annotation with
BIOFACET ( GENE-IT)
- Conception et réalisation d'une Database ISS (CAC ONCOLOGY)
- Développement et exploitation d'une méthode d'annotation originale de
génomes bactériens pathogènes (GENOSCOPE)
- Mise en place d'un système de traçabilité informatisé (HASSLER CHARCURHIN)
;
- Intégration des modules de canonisation et de chimie combinatoire aux
bases de données des matières premières et des produits finis (CEREP)…
DEBOUCHES
Quelques exemples de postes occupés à ce jour
par nos étudiants :
- Ingénieur bio-informatique (Institut Cochin
INSERM),
- DATA Manager (CAC ONCOLOGY),
- Ingénieur Commercial (Masterline),
- Ingénieur d’études (GENE-IT),
- Développeur informatique (CLARYSIS) ,
- Responsable informatisation d’un laboratoire
d’analyse médical (SDLM)…
LE
PROGRAMME SCIENTIFIQUE
Spécialisation
Scientifique : 350 heures* + applications pratiques 100 heures
(projets) |
Volumes horaires
(ECTS) |
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Module
1 |
Algorithme
Définition et principes Structures de contrôle ; structure des
données Etude de
l’algorithme de base, de tri, de recherche, de compression de
données Analyse de la
complexité, algorithme des mots et des
arbres. |
36 h
(5) |
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Module
2 |
Programmation : raisonnement et logique de la
programmation
Environnement UNIX et linux, Réseaux et notamment
l'Internet, TCP/IP TELNET, FTP, locaux (LAN et WAN) JAVA, applications
orientées Web, Approche des langages UML et XML
Visual Basic, C++,
application à la réalisation de modèles
moléculaires Php, mySQL
applications web
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92 h
(8) |
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Module
3 |
Bases de
données relationnelles
Bases de données : concepts et
applications. Objectifs des SGBD Modèle MERISE - Langage SQL. Présentation des logiciels MS Access,
ORACLE. MySQL Application aux données biologiques |
40 h
(6) |
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Module
4 |
Bio-informatique
Outils
Statistiques Apllication mathématique pour la
bio-informatique Chaînes de Markov et chaînes
de Hidden Markov Algorithmes
de prédiction Introduction aux banques de
données biologiques et aux analyses de
séquences Bases de données
biologiques : les bases généralistes et les bases
spécialisées Outils
d’analyse en bio-informatique
- Programme de séquençage automatique et
manuel.
- Programme de validation du
séquençage
- Alignement de séquences. Comparaison de
séquences : BLAST, FASTA, BLITZ. , alignement multiples
CLUSTALW.
- Graphisme moléculaire. Prédiction des
structures et des fonctions. Présentation des outils de simulation et de
visualisation des structures tridimensionnelles : Rasmol ;
fichiers au format pdb etc…
- Drug Discovery, recherche de
médicaments in silico.
Conférences d'industriels spécialistes du
domaine |
60 h
(7) |
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Module
5 |
Clinical Data
Management
Gestioin de projet Introduction aux
métiers de la biométrie Réglementation et méthodologie de la Recherche Clinique.
Epidémiologie EDC, ECRF SAS : formation au langage SAS, Data
management, data mining, logiciels Entreprise Guide, Entrprise
Miner Outils
logiciels : SAS, Clintrial, In form, Oracle clinical Application à
la gestion de données de recherche cliniques
|
100 h
(9) |
*Les nombres d’heures de cours et TP de la
formation scientifique sont indicatifs et peuvent être légèrement modifiés, sans
toutefois influer sur les équilibres entre
enseignements.
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Ce
master comporte 3 projets majeurs qui accompagnent tout le programme du
semestre : Développement d’un Client/Serveur ;
Création d’une base de données ; Projet
bio-informatique/ programmation.
Le
travail personnel et en groupe qui équivaut à un minimum de 100 heures (10
ECTS) |
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Partenaires
Les intervenants dans le Master of Business Engineering en Informatique appliquée aux Sciences de la Vie sont des spécialistes académiques ou industriels de la biologie ou de l'informatique.
De nombreuses collaborations avec différents établissements d'enseignement supérieurs (Université Paris V, EISTI, ENS, UTC) garantissent un haut niveau de formation.
Le partenariat industriel et le tronc commun garantissent aux diplômés une intégration rapide en entreprise.
Quelques partenaires de la formation
:
- ENS
- Commissariat à l’Energie
Atomique CEA Saclay
- GENOPOLE
d’Evry
- GENOSCOPE Centre National de
Séquençage
- GENE-IT
- SGIR Université Paris
V
- GSK
Biological
- CEREP
- DMB
- GENCELL
- CLINSEARCH,
- STILO
OMNIMARK
- SERVIER
- SANOFI-SYNTHELABO
- PHASE
FORWARD
- THERIAMIS
- OHM
FORCE
- HYBRIGENICS
- ORACLE
CLINICAL
- SAS ACADEMIC
France…
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Contacts
Voir les modalités d’inscription et les conditions d’admission sur la fiche de présentation des Masters de l’EBI, ainsi que le programme détaillé des cours du tronc commun .
Responsable scientifique et
pédagogique Pr Denis HUET, PhD e-mail : d.huet@ebi-edu.com
Secrétariat admissions Valérie ROQUES EBI 32 Bd
du Port 95094 Cergy-Pontoise
cedex Tel : 01.30.75.62.46
Fax : 01.30.75.62.51 e-mail : v.roques@ebi-edu.com
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Témoignages
En cette nouvelle année pédagogique des Masters en bioinformatique de l'EBI,
je tiens à vous faire part de mon soutien pour cette formation qui est vraiment
axée sur le monde du travail. Aujourd'hui, après plus d'un 1 an d'expérience
professionnelle, je peux confirmer que votre formation est un passeport pour le
monde du travail. Et il revient à nous autres de continuer à faire la promotion
de ces formations. Je viens aussi par ce mail vous annoncer ma
promotion. Je suis à présent Data Manager Senior avec toutes les responsabilités
qui vont avec ! Je vous remercie encore pour la chance que vous m'avez
donnée. Guy-Constant LEYANDA (CAC
Oncology) Master Bioinformatique - Master of Business Engineering Promotion
1
La formation en Master de Bio-informatique m'a permis d'acquérir les
clés essentielles à la réussite de mon projet professionnel. A la fois elle m'a
apporté les outils nécessaires pour être un bon opérationnel sur le court terme
mais avant tout une voie d'accès pour devenir Manager grâce aux enseignements de
finance, comptabilité, et marketing. C'est en cela que la formation se distingue
des autres car elle permet d'acquérir non seulement une double compétence
biologie/informatique mais une triple: Management/informatique/biologie. J'ai
apprécié la façon dont la formation m'a permis de mieux comprendre les enjeux
stratégiques de la branche vers laquelle je me destinais: l'industrie
pharmaceutique, ainsi que les problématiques rencontrées grâce notamment aux
interventions de professionnels du secteur. L'acquisition de la technique
opérationnelle tout au long du Master, est je pense un maillon essentiel de la
connaissance de tout Manager qui lui donne toute sa crédibilité dans sa fonction
future. Jean-Christophe FRANOUX
Master Bioinformatique - Master
of Business Engineering Promotion 3 Business Developer
(Altizem)
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