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 Informatique Appliquée aux Sciences de la Vie 

Les objectifs

3ème cycle de haut niveau répondant à de nouveaux enjeux essentiels pour les industries et entreprises des secteurs de la bio-informatique destinées à des étudiants ayant étudié les sciences de la vie jusqu'à un niveau de second cycle. C'est bien plus qu'un master en bioinformatique ou un master en pharmacologie qui est proposé : une véritable double formation intensive, en 12 à 15 mois.

L’augmentation exponentielle des données issues de la recherche en Sciences de la Vie a généré de nouveaux besoins d’acquisition, de stockage, de traitement et de communication de ces informations.
Le programme scientifique du Master of Business Engineering en Informatique Appliquée aux Sciences de la Vie de l’EBI a pour but de donner tous les outils du Management de ces données à des étudiants issus de l’un des domaines de la Biologie.
La Bioinformatique permet, à partir du séquençage des génomes, d’interpréter le code génétique (Génomique) et d’en proposer une traduction en protéines tridimensionnelles (Protéomique).
Elle sert aussi la Recherche Clinique, en permettant le classement et l’interprétation des données qui visent à vérifier, contrôler et valider l’efficacité d’un médicament. Le développement et la mise en place du Data Management et du Data Mining ont renforcé la place de l’informatique dans le secteur pharmaceutique.
Les outils de la biostatistique, la programmation dans plusieurs langages très utilisés dans les entreprises de nos secteurs, la connaissances des réseaux, des outils d’échanges de données très spécifiques, de logiciels d’application à la bioinformatique complètent cette formation qui se veut à l’écoute des besoins du marché dans ce domaine.

C’est grâce à l’association en continu pendant les 6 mois de formation à l’EBI  de ce programme scientifique avec les cours du tronc commun des MBE, que l’étudiant acquiert une vision de chef de projet sur ces problèmes.

Les bioinformaticiens issus de cette formation sont développeurs d’interfaces graphiques et de logiciels, gestionnaires de bases de données (DATA MANAGER), biostatisticiens au sein d’entreprises de biotechnologies, d’industries pharmaceutiques, de CRO (Contract  Research  Organisation), de SSII ou de Laboratoires de recherche publics.

Contenu pédagogique

La formation de ce Master en bioinformatique s'organise autour de deux axes : formation à l'entreprise et formation spécifique en informatique appliquée à la biologie et à la recherche clinique.

LA FORMATION

Durant les 6 mois à l'Ecole de Biologie Industrielle, 550 heures de formation sont délivrées (scientifique + tronc commun). L'étudiant est encadré par le professeur permanent responsable du programme, Monsieur Denis HUET, qui le guide dans la construction et la réalisation de son projet professionnel.
La formation est à la fois axée sur les apprentissages individuels, mais aussi sur le travail en équipe, par projets. Les cours, travaux dirigés, conférences par des professionnels sur ces applications informatiques, sont complétés par l'élaboration de plusieurs projets qui accompagnent les enseignements durant les 6 mois.

LE STAGE

De 6 mois au minimum, dans les entreprises de nos secteurs, avec production d'un mémoire et soutenance devant jury.
Quelques exemples de stages proposés sur cette formation depuis sa création :

  • Développement d'interfaces intranet en JAVA, permettant l'analyse et le suivi des productions en chimie combinatoire (CEREP)
  • Travail sur un logiciel de dessin de structures pyramidales, application à l'analyse de clusters de séquences homologues (SUPELEC)
  • Réalisation d'une application intranet en JSP, permettant la gestion de données chimiques, biologiques et de modélisation moléculaire (CEREP)
  • Gestion de bases de données cliniques (GERCOR) ; Développement informatique pour les offres "logiciels" d'IVALUA
  • Création d'une application Web pour le gestion de commandes d'oligonucleotides (SANOFI-SYNTHELABO)
  • Conception, gestion et administration de bases de données cliniques et biologiques (Institut COCHIN) ; Methodology of human genome annotation with BIOFACET ( GENE-IT)
  • Conception et réalisation d'une Database ISS (CAC ONCOLOGY)
  • Développement et exploitation d'une méthode d'annotation originale de génomes bactériens pathogènes (GENOSCOPE)
  • Mise en place d'un système de traçabilité informatisé (HASSLER CHARCURHIN) ;
  • Intégration des modules de canonisation et de chimie combinatoire aux bases de données des matières premières et des produits finis (CEREP)…

DEBOUCHES

Quelques exemples de postes occupés à ce jour par nos étudiants :

  • Ingénieur bio-informatique (Institut Cochin INSERM),
  • DATA Manager (CAC ONCOLOGY),
  • Ingénieur Commercial (Masterline),
  • Ingénieur d’études (GENE-IT),
  • Développeur informatique (CLARYSIS) ,
  • Responsable informatisation d’un laboratoire d’analyse médical (SDLM)…

LE PROGRAMME SCIENTIFIQUE

 Spécialisation Scientifique : 350 heures* + applications pratiques 100 heures (projets)

Volumes horaires (ECTS)

Module 1

Algorithme

Définition et principes
Structures de contrôle ; structure des données
Etude de l’algorithme de base, de tri, de recherche, de compression de données
Analyse de la complexité, algorithme des mots et des arbres.

36 h

(5)

Module 2

Programmation : raisonnement et logique de la programmation

Environnement UNIX et linux, Réseaux et notamment l'Internet, TCP/IP TELNET, FTP, locaux (LAN et WAN)
JAVA, applications orientées Web, Approche des langages UML et XML
Visual Basic, C++, application à la réalisation de modèles moléculaires
Php, mySQL applications web

92 h

(8)

Module 3

Bases de données relationnelles

Bases de données : concepts et applications. Objectifs des SGBD
Modèle MERISE - Langage SQL.
Présentation des logiciels MS Access, ORACLE.
MySQL
Application aux données biologiques

40 h

(6)

Module 4

Bio-informatique

Outils Statistiques
Apllication mathématique pour la bio-informatique
 
Chaînes de Markov et chaînes de Hidden Markov
Algorithmes de prédiction
Introduction aux banques de données biologiques et aux analyses de séquences
Bases de données biologiques : les bases généralistes et les bases spécialisées
Outils d’analyse en bio-informatique

  • Programme de séquençage automatique et manuel.
  • Programme de validation du séquençage
  • Alignement de séquences. Comparaison de séquences : BLAST, FASTA, BLITZ. , alignement multiples CLUSTALW.
  • Graphisme moléculaire. Prédiction des structures et des fonctions. Présentation des outils de simulation et de visualisation des structures tridimensionnelles : Rasmol ; fichiers au format pdb etc…
  • Drug Discovery, recherche de médicaments in silico.

Conférences d'industriels spécialistes du domaine

60 h

(7)

Module 5

Clinical Data Management

Gestioin de projet
Introduction aux métiers de la biométrie
Réglementation et méthodologie de la Recherche Clinique. Epidémiologie
EDC, ECRF
SAS : formation au langage SAS, Data management, data mining, logiciels Entreprise Guide, Entrprise Miner

Outils logiciels : SAS, Clintrial, In form, Oracle clinical
Application à la gestion de données de recherche cliniques

100 h

(9)

*Les nombres d’heures de cours et TP de la formation scientifique sont indicatifs et peuvent être légèrement modifiés, sans toutefois influer sur les équilibres entre enseignements.

Ce master comporte 3 projets majeurs qui accompagnent tout le programme du semestre :
Développement d’un Client/Serveur ;
Création d’une base de données ; Projet bio-informatique/ programmation.

Le travail personnel et en groupe qui équivaut à un minimum de 100 heures (10 ECTS)

Partenaires

Les intervenants dans le Master of Business Engineering en Informatique appliquée aux Sciences de la Vie sont des spécialistes académiques ou industriels de la biologie ou de l'informatique.
De nombreuses collaborations avec différents établissements d'enseignement supérieurs (Université Paris V, EISTI, ENS, UTC) garantissent un haut niveau de formation.
Le partenariat industriel et le tronc commun garantissent aux diplômés une intégration rapide en entreprise.

Quelques partenaires de la formation :

  • ENS
  • Commissariat à l’Energie Atomique CEA Saclay
  • GENOPOLE d’Evry
  • GENOSCOPE Centre National de Séquençage
  • GENE-IT
  • SGIR Université Paris V
  • GSK Biological
  • CEREP
  • DMB
  • GENCELL
  • CLINSEARCH,
  • STILO OMNIMARK
  • SERVIER
  • SANOFI-SYNTHELABO
  • PHASE FORWARD
  • THERIAMIS
  • OHM FORCE
  • HYBRIGENICS
  • ORACLE CLINICAL
  • SAS ACADEMIC France…

Contacts

Voir les modalités d’inscription et les conditions d’admission sur la fiche de présentation des Masters de l’EBI, ainsi que le programme détaillé des cours du tronc commun .

Responsable scientifique et pédagogique
Pr Denis HUET, PhD
e-mail : d.huet@ebi-edu.com

Secrétariat admissions
Valérie ROQUES
EBI
32 Bd du Port
95094 Cergy-Pontoise cedex
Tel : 01.30.75.62.46

Fax : 01.30.75.62.51
e-mail :
v.roques@ebi-edu.com

Témoignages

En cette nouvelle année pédagogique des Masters en bioinformatique de l'EBI, je tiens à vous faire part de mon soutien pour cette formation qui est vraiment axée sur le monde du travail.
Aujourd'hui, après plus d'un 1 an d'expérience professionnelle, je peux confirmer que votre formation est un passeport pour le monde du travail. Et il revient à nous autres de continuer à faire la promotion de ces formations.
Je viens aussi par ce mail vous annoncer ma promotion. Je suis à présent Data Manager Senior avec toutes les responsabilités qui vont avec !
Je vous remercie encore pour la chance que vous m'avez donnée.
Guy-Constant LEYANDA (CAC Oncology)
Master Bioinformatique - Master of Business Engineering Promotion 1

La formation en Master de Bio-informatique m'a permis d'acquérir les clés essentielles à la réussite de mon projet professionnel. A la fois elle m'a apporté les outils nécessaires pour être un bon opérationnel sur le court terme mais avant tout une voie d'accès pour devenir Manager grâce aux enseignements de finance, comptabilité, et marketing. C'est en cela que la formation se distingue des autres car elle permet d'acquérir non seulement une double compétence biologie/informatique mais une triple: Management/informatique/biologie. J'ai apprécié la façon dont la formation m'a permis de mieux comprendre les enjeux stratégiques de la branche vers laquelle je me destinais: l'industrie pharmaceutique, ainsi que les problématiques rencontrées grâce notamment aux interventions de professionnels du secteur. L'acquisition de la technique opérationnelle tout au long du Master, est je pense un maillon essentiel de la connaissance de tout Manager qui lui donne toute sa crédibilité dans sa fonction future.
Jean-Christophe FRANOUX
Master Bioinformatique - Master of Business Engineering Promotion 3
Business Developer (Altizem)