L'EBI délivre son enseignement en 5 années après le baccalauréat, divisées en cycle préparatoire intégré et en cycle ingénieur.

Le programme des deux premières années vise à donner de solides bases scientifiques polyvalentes, tout en ne négligeant pas la connaissance de l'entreprise qui est nécessaire pour les stages.

Les modules sont  divisés en cours, enseignés en promotion entière, en Travaux Dirigés, enseignés en 1/3 de promotion et en Travaux Pratiques, enseignés en petit groupe, pour la biologie et la chimie. Chaque semestre, les modules changent , tout en essayant de respecter un équilibre entre la biologie, les mathématiques, la physique et la chimie.

L'anglais est la langue enseignée au début du cursus afin d'atteindre rapidement le niveau de TOEIC de 785 points nécessaire pour obtenir son diplôme CTI. Ensuite l'élève pourra s'inscrire au cours d'allemand, d'espagnol, d'italien, de chinois, de japonais si il le désire, tous en conservant ses cours d'anglais. Ceci est fait dans un souci de développement de l'élève à l'international.

La validation de chaque module se fait par des examens au nombre de 2 ou 3 selon la matière, ce qui donne un rythme régulier de travail à l'élève, tout au long du semestre. Le passage en cycle ingénieur se fait par contrôle continu et validation des modules des deux premières années. Un redoublement de le 2ème année peut être proposé.

Les cours se déroulent sur 5 jours, du lundi au vendredi, à partir de 8h30 et parfois jusqu'à 19h45.  Voici un planning à télécharger assez représentatif d'une semaine d'un élève de 1ère année préparatoire. Les TP sont enseignés par un roulement toutes les 2 ou 3 semaines selon la matière. 

La formation ingénieur s'appuie sur la connaissance des outils de l'entreprise et sur deux dorsales scientifiques. ces dernières donnent aux étudiants une solide culture de base en matières de procédés industriels : la biologie industrielle et le génie industriel, qui en font des managers opérationnels.

• des cours axés sur la gestion ou le management : Marketing Sectoriel, Veille Scientifique et Marketing, Simulation de Gestion de Projet, Communication et Animation, Développement Personnel,
• des cours scientifiques : Fermentation Appliquée, Initiation à la Cosmétologie, Epidémiologie, Bio-dépollution, Chimie Industrielle, Simulation de Procédés, Programmation Web, Analyse Sensorielle, Qualité Sensorielle et développement Produit, Initiation à la Galénique Industrielle,Science des Aliments, Sécurité Alimentaire, Outils et Métiers de la Recherche Clinique, Bilan Carbons
• des cours transversaux : CAO/DAO, Introduction au Design, Initiation à l'Eco-Conception, Emballage et Conditionnement, Droit du travail et des Sociétés. 

Les cours de langue deviennent optionnels à partir de l'obtention du niveau de 785 points au TOEIC. L'élève peut alors choisir une ou plusieurs langues  : anglais, espagnol, allemand, chinois, japonais, italien.